5. Jetzt steht der wohl wichtigste Schritt der Whisky-Herstellung an. Alle Whiskybrennereien lassen ihren New Make in Eichenfässern lagern. Vorgeschrieben ist je nach Land und Art meist eine dreijährige Lagerung, und erst danach darf sich die Spirituose auch wirklich Whisky nennen. Blended Whisky reift nicht viel länger als dieses Minimum, und dasselbe gilt für Bourbon und Rye. Echter Single Malt Scotch Whisky hingegen verbringt oft 10 oder 12 Jahre in Fässern aus amerikanischem oder europäischem Eichenholz. Üblich sind ebenso mehr als 20 Jahre alte Whiskys, wobei rare Premium-Produkte mehrere Jahrzehnte ruhen. Die Lagerung von Whisky mit Holzkontakt und Oxidation entscheidet maßgeblich über das Aroma und den Geschmack des Destillats, wobei sie sich ebenso auf die Farbe und den Alkoholgehalt auswirkt. So manch eine Whiskybrennerei entscheidet sich daher für eine doppelte oder dreifache Reifung bzw. für ein veredelndes Finishing in einem anderen Fasstyp. So lagert die Spirituose z. B. in Bourbonfässern und Sherryfässern oder wird einem Cask Finish in Weinfässern, Portweinfässern, Cognacfässern oder Rumfässern unterzogen.